Sok mozgalmat és felfordulást hozott a szeminárium életébe a világháború.
A negyedéves kispapok 1914. szeptemberétől fogva betegápoló munkában vettek részt. Vöröskeresztes karszalaggal jártak ki naponta a kórházakba. Később a harmadévesek is csatlakoztak hozzájuk. 1915-ben már hat kórházba osztva teljesítettek szolgálatot, két kispap pedig a répceszentgyörgyi püspöki kórházban teljesített szolgálatot. A vakáció folyamán heti beosztással váltották fel egymást a betegápolásban. Kötelességüket híven teljesítették, ismételten részesültek hivatalos elismerésben. Némi fizetést is kaptak, mellette pedig tanulmányaikban sem maradtak el, mert hetenként felváltva tanultak és ápoltak. A betegeknek lelkével is törődtek, előkészítették őket a szentségek fölvételére. A kispapság lelkére átragadt az általános lelkesedés, de később a panamák és sok lelkiismeretlenség híre, a borzalmasan megcsonkított katonák látása, a győzelmek és veszteségek aggasztó váltakozása s a gyászesetek, amelyek nem kíméltek meg egy családot sem, nyomasztólag hatottak rájuk.

Karácsonyukat csak a jótett öröme tette széppé. Ajándékaikról a beteg katonák javára lemondtak s az Emberbaráti kórház betegeit heten teremről-teremre járva karácsonyi énekeikkel vigasztalták (1914).

A szeminárium épületébe betelepítették a püspöki elemi iskola osztályait (1914. szept. 18-tól 1916. április 8-ig), hogy a püspöki elemi iskola termeit katonai kórház vehesse át. Az iskolás gyermekek állandó zajongását nehéz volt elviselni. Kivonulásuk után is még takarékossági szempontból két múzeumban helyezkedtek el a növendékek. Hiszen elfértek. A kispaplétszám rendkívül leapadt. Az alsó évfolyamon a háború harmadik évében mindössze csak öt növendék volt. Ekkor már a betegápolást sem folytatták. 1915-ben öt, következő évben egy, 1917-ben már csak két elsőéves növendéket vettek föl. A szeminárium történetében ez volt az első és utolsó eset, hogy a paphiány veszedelme fenyegetett.

A tanéveket, ha némi rövidítéssel is, sikerült befejezni. A Veni Sancte szeptember közepén volt, az évet pedig május végén (május 22-29) fejezték be. Bár a háború alatt anyagiakban itt-ott nélkülözni kellett: a villany bevezetése az ódon épületbe mégis ebbe az időbe esik (1916).

Az 1918-19-es év volt a leghányatottabb.
Pedig ebben az évben kisszeminárium is nyílt meg intézetünkben, "tekintettel a háborús sorozások folytán egyre jobban érezhető klerikushiányra." A kisszemináriumnak tizenhét növendéke volt a gimnázium V-VIII. osztályaiból: Prefektusuk Géfin Gyula dr. lett, aki szegény, korán elhúnyt Erőss professzor halála óta (1917. június 13) a dogmatika rendes tanára volt a püspöki líceumon.

1918 szeptemberében mindössze csak kilenc teológusra volt kilátás. Öt-hat katona felmentése ügyében folytak a tárgyalások. Az összeomlás után azonban kezdtek szállingózni új jelentkezők. Ebben az évben az elsőévesek mind katonákból lettek. Egyik-másik szép kitüntetéssel jött. Voltak köztük hadnagyok, zászlósok, hadapródok stb. Voltak, akik gyors matura után, voltak, akik súlyos sebesülésekből, betegségekből, lelki megrázkódtatásból érkeztek a szemináriumba, amelynek rendjét nem is tudták egész engedelmességgel magukévá tenni. Év folyamán tizenhárman jelentkeztek, de ezek közül hatan nem maradtak meg. 1918 év végén megvált a szemináriumtól Pintér József, aki hat éven át volt a papnövendékeknek buzgó és szeretetreméltó spirituálisa s Erőss halála óta egyszersmind vicerektora.

Az idők rohamos megváltozását mindenkinek éreznie kellett. Az újságok úszítottak, a csőcselék hangja mindig erősebb lett. A kispapokat olykor az utcán is inzultálták. Aggodalmas hírek röpködtek a levegőben. A sivár jelenből még vigasztalanabb jövőbe nyílt kilátás. Azt is rebesgették, hogy a szerbek megszállják az egyházmegye területét, megszállják Szombathelyt is. Az ország kormányzása a király távozása után rossz kezekbe került. A hírlapok nem adtak helyes tájékozódást. A szociáldemokrata szólamok, melyek a levegőben úsztak, akkor még sokaknál nem reakciót váltottak ki, hanem mételyezték még az intelligencia gondolkodását is.

Az őszi lelkigyakorlat alatt már folyt a forradalom. Az első izgalom és bizonytalanság hatása alatt hazakérezkedtek s néhány napig otthon is tartózkodtak a kispapok.
Ezeknek az eseményeknek a hatása alatt került be a tantárgyak közé a szociológia is (1919. január 24.), mert mindenki érezte, hogy az új idők papjának a társadalmi bajok természetével és orvosságaival tisztában kell lennie. A szociológia első tanára Horváth János szociális titkár lett, míg később a mindenkori spirituális tanította.

G. Ribera: Ábel halála.
(1922 óta a püsp. palotában.)

Az ideges izgalom fokozódott az újév küszöbén, mert mindenki sejtette, hogy a szájhős Károlyi-kormány a kommunista uralomnak fog helyet adni.

Különösen nagy lett a konsternáció, mikor (febr. 27.) a megyéspüspököt Celldömölkön internálták és nem lehetett tudni, milyen sors vár reá. Papokat is hoztak az egyházmegye különböző helyeiről s a törvényszék épületében internálták őket, ahová ilyenkor a szeminárium kölcsönzött ágyakat. Április 30-án Fuchs Ferencet tartóztatták le, aki éppen lelkigyakorlatot tartott a kisszemináristáknak. Éjtszakára még hazaeresztették s a halálról szóló elmélkedést halálos izgalmak közt megtarthatta nekik.
A kispapok izgatottan tárgyalták ezeket az eseményeket és szorongva néztek a jövő hányódásai elé. Tanulásra nem nagyon tudták összeszedni a figyelmüket.

1919. március 21-én kitört a kommunizmus. A tanácskormány elrendelte a szekulárizációt. Az új irányzatnak nem volt szüksége papokra. Az egyházi vagyonokat köztulajdonnak nyilvánították és mindenfelé leltározások folytak.
Május elsején nagy tüntetéseket és felvonulásokat rendeztek a kommunista "elvtársak." A kispapok civilruhába öltöztek és kivonultak nézni a tüntetést. Egyik-másik folyton beleszólt egy szónoklatba, amíg fel nem szólították őket, hogy jöjjenek fel ők a pódiumra, ha mindent jobban tudnak.

A szeminárium épületét a vörös őrség saját számára foglalta le s a papnevelőintézetnek ki kellett költözködnie a Jókai Mór-utca 11. szám alatt lévő közigazgatási tanfolyami inter- nátusba, röviden: a jegyző-internátusba. A hurcolkodás pár napot vett igénybe. A vörösök gondoskodtak kocsikról és katonákról, akik segédkeztek a csomagolásnál és szállításnál. A kocsikon egy-egy kispap ült, hogy a tárgyakra felügyeljen. A hurcolkodásban segítő katonák a végén már a kispapokkal együtt szidták a vörös világot. A katona-kispapok bátor viselkedése is imponált nekik.

A városban nagy feltűnést keltett a szeminárium kilakoltatása. A vasutasok tüntetést rendeztek és küldöttségük követelte (máj. 11.) a direktóriumtól a szeminárium visszaállítását is. A küldöttség tagjait letartóztatták, de estére a vasutasok erélyes fellépésére hazaeresztették őket.
Utolsó szentmise az intézeti kápolnában május 12-én volt. Amíg itt Tauber rektor vette magához a Sanctissimum-ot, ugyanabban az órában az új épület rögtönzött kápolnájában gyúlt ki az örökmécses, ahol Herceg János, a szeminárium új (1918. dec. óta) spirituálisa és vicerektora mondott szentmisét.

Az új épület eléggé bevált. Még tágasabbnak bizonyult, mint a régi ház. Csak messze volt. Asszisztálni villamoson jártak be a növendékek. Eleinte étkezni is hazajártak.

Herceg János vicerektor és spirituális, akin abban az időben a felfordult világ minden gondja keresztülzúdult, így ír az akkori állapotokról: "A hangulat nem volt rossz. A fiúk nagyon elszántak voltak. Ha jégeső esik is, nem hátrálunk, mondogatták."

A tanítás folyt kint, már amennyire akkoriban studiumról szó lehetett. Az évet hamar be kellett fejezni. Május 30-án kis összevont vizsga után hazamentek a növendékek, ameny- nyiben az éppen kiütött vasutas sztrájk meg nem akadályozta őket.

A vakáció folyamán az anyagi gondok súlyosodtak. A rektor az elöljárók fizetését sem tudta folyósítani. (KP. 1919. V. 3.) Attól lehetett tartani, hogy egészen be kell zárni az inézetet. A kommun bukását mindenki szorongva várta, de tudni semmit sem lehetett. Az volt a terv, hogy egyházmegyei gyűjtés által tartják fent a papnevelőt. Erre annál is inkább lehetett gondolni, mert a szorongatott időkben a népben jobban feltámadt a vallásához és papjához való ragaszkodás. A szomszéd községek lakói annyi tejet hoztak be mindig a szemináriumba azokban az ínséges hetekben, hogy a szomszéd házak lakóit is elláthatta tejjel, mert a piacon kapni nem lehetett.

A kommunizmus bukása után (aug. 1.) a szorongatott nemzettel együtt lélekzett fel a papság is. A nagy lidércnyomás elmúlt a kispapok lelkéről is. A rabságba hurcolt püspök augusztus 20-án győzelmesen vonult be városába, hívei és papjai rajongó örömnyilvánulásai között.

A szeminárium épületét azonban még továbbra is lefoglalva tartották a csendőrök. Ezért és több más okból a megyéspüspök nem nyitotta meg a szemináriumot az 1919-60-as esztendőben (püsp. rend. 3377/919.). A kispapok egyrésze a budapesti és bécsi egyetemen végezte tanulmányait, nagyobb része pedig az esztergomi szemináriumba került, ahol jámborságukkal becsületet szereztek egyházmegyéjüknek.

A püspök ekkor felmentette Tauber Sándor dr.-t a rektorátus terhe alól és nyugalomba küldte Farkas Ferencet, a szombathelyi papság ?széniorát", aki immár 1878 óta tanította a biblikumot. A szeminárium anyagi ügyeinek vezetője Császár József dr. morális-tanár lett. A többi tanár más beosztást nyert. Géfin Gyula dr. Táplánfán működött segédlelkészi minőségben, Herczeg János pedig a szombathelyi leányközépiskolák hittanári teendőit látta el.

A visszaköltözködés egyébként már szeptember 29-én megtörtént. A csendőrség a szeminárium második emeletét és az első emelet déli részét tartotta meg. Néhány ajtóáttörés (a spirituálisi lakás és a szomszéd múzeumok közt) és ajtóállítás (első emeleti folyosón) nyoma ma is meglátszik. A hely annyira szűkös volt, hogy az 1919. évi papszentelés előkészületei a cipőtisztogató helyiségben folytak le. Itt lakott a három szentelendő is.

A kisszeminárium egy évi virágzás után megszűnt. Elmult ugyanis a főok, ami miatt létesítették. A kispaplétszám a háború utáni években oly rohamosan emelkedett, hogy az épület nemsokára szinte szűk lett a teológusok számára is.
1920 őszén ugyanis megnyílt újra szemináriumunk. Rektora Császár József dr. morális-tanár lett, vicerektora Géfin Gyula dr. dogmatika-tanár; prefektus és biblikus tanár Szendy László dr. lett. Spirituális maradt Herczeg János, de már novemberben Fuchs Ferenc lett az utóda. Az egyházjogot tovább is Tauber Sándor dr., volt jogtanár látta el. Az új tanév október 2-án házszenteléssel kezdődött. Az egyházmegyének ekkor 44 teológusa volt, kik közül négyen a budapesti egyetemen tanultak. Már 1919-ben 19 elsőévest vettek fel, következő évben 18-at, 1921-ben 11-et, 1922-ben 10-et, 1923-ban 12-t, 1924-ben 13-at, 1925-ben 19-et, 1926-ban 14-et, 1927-ben 15-öt, 1928-ban 16-ot, úgyhogy a kispaplétszám ekkor 56-ra emelkedett fel, akik közül 44-en tanultak itthon.
A szemináriumi élet tehát megindult, de katonaviselt és más szokású szemináriumokból összejött növendékeivel csak bizonyos zökkenők után juthatott a régi kerékvágásba.